Bio-informatique

Biology research

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Roland Santos

Roland Santos
Spécialiste en systèmes informatiques pour les opérations des TI et le calcul de haute performance du Centre Michael Smith des sciences génomiques (Michael Smith Genome Sciences Centre, GSC) de l’Agence du cancer de la Colombie-Britannique

Expertise
M. Santos fait partie de l’équipe responsable des activités quotidiennes de l’infrastructure de calcul de haute performance (CHP) du centre. Il s’est joint au GSC en 2006, peu de temps après avoir obtenu son baccalauréat en informatique de l’Université de la Colombie-Britannique. Il aide quotidiennement les chercheurs à traiter des données biologiques avec des ordinateurs de grande puissance.

Lindsay Sill

Lindsay Sill
Directrice générale, WestGrid

Expertise
À titre de directrice générale de WestGrid, Mme Sill comprend très bien le rôle du calcul informatique de pointe dans le soutien à la recherche et son avancement. Elle collabore avec des leaders des sciences, de la technologie et de l’innovation de partout au pays et veille à ce que les activités et les stratégies nationales de Calcul Canada tiennent compte des besoins des chercheurs à l’échelle locale. Au service de WestGrid depuis 2007, Mme Sill est titulaire d’un baccalauréat en biologie.

Quoi de neuf?
En 2014, le Centre Michael Smith des sciences génomiques (GSC) de l’Agence du cancer de la Colombie-Britannique, un leader mondial de la génomique et de la recherche en bio-informatique, est devenu le plus récent centre de calcul informatique de pointe de WestGrid et Calcul Canada. Grâce à lui, les chercheurs d’un océan à l’autre disposeront d’un meilleur accès aux logiciels, aux experts et aux installations de stockage ultrasécurisées en bio-informatique. En juin 2014, Calcul Canada a rencontré Roland Santos du GSC et Lindsay Sill de WestGrid pour discuter des retombées de ce site pour la recherche génomique et les soins de santé au Canada.

En quoi le fait d’être un site de calcul informatique de pointe bonifie-t-il les capacités du GSC?
M. Santos :
Il s’agit d’un élargissement de nos activités. Le financement de la Fondation canadienne pour l’innovation et du Knowledge Development Fund de la Colombie-Britannique totalise près de 15 millions de dollars. Cet argent servira à développer des approches en médecine de précision pour le cancer, et plus de la moitié ira à l’infrastructure des technologies de l’information (TI). Ce nouvel équipement gonflera la capacité de calcul, rendant ainsi possible le traitement d’encore plus de données et augmentant nos chances de percer les secrets de la génomique et du cancer. Nous continuerons de bonifier nos capacités de séquençage de l’ADN, de stockage de données et d’analyse pour appuyer les efforts de recherche.

Qu’apportera tout ce séquençage de l’ADN?
M. Santos :
Le séquençage et l’analyse de l’ADN s’insèrent dans une recherche très prometteuse en médecine de précision, adaptable au code génétique du patient. Chaque dossier peut générer une térabase de données, qu’il faut analyser et stocker. Pour répondre aux exigences du projet, nous approchons les 10 pétaoctets de mémoire active, dont la majorité est dédiée au stockage des données de séquençage. C’est assez d’espace pour conserver plus de 100 ans de vidéos haute définition.

Ce séquençage et cette analyse de l’ADN servent-ils principalement à la recherche?
M. Santos :
Oui, presque tout le séquençage et l’analyse servent à la recherche, surtout celle des institutions et des chercheurs canadiens. Nous participons de plus en plus à des projets sur des traitements ciblés, qui mettent à profit notre capacité de séquençage et d’analyse de l’ADN.

Cette infrastructure est-elle réservée aux chercheurs du GSC?
Mme Sill :
Le GSC hébergera l’équipement, mais ce dernier servira à toute la communauté d’utilisateurs de Calcul Canada, soit tout chercheur canadien qui a des besoins particuliers en bio-informatique ou en génomique. Par ailleurs, 11 postes à plein temps serviront à l’exploitation de la nouvelle infrastructure et concourront à élargir le savoir-faire en bio-informatique ainsi que le soutien prodigué dans l’ensemble du pays. Pour la première fois, Calcul Canada s’adjoint un savoir-faire technique propre à un domaine qui renforcera et diversifiera la plateforme nationale de ressources de calcul et de services de soutien.

M. Santos :
Cela signifie également que les chercheurs du GSC auront accès aux ressources de Calcul Canada, qui comprennent des logiciels et des experts en visualisation, des installations avancées de collaboration et des activités nationales de vulgarisation et de formation. Ainsi, notre capacité de collaboration en sera grandement améliorée afin de poser de meilleurs diagnostics et de trouver de meilleurs traitements contre le cancer et d’autres maladies.

Aurait-il été possible d’héberger cet équipement dans une autre province?
Mme Sill :
Les exigences spéciales des données en santé sur les plans du droit, de la sécurité et de la protection des renseignements personnels nécessitent une infrastructure sur mesure. Le leadership de la Colombie-Britannique en matière d’information sur la santé et de protection des renseignements personnels en faisait l’endroit tout désigné. Le GSC est reconnu dans cette province comme un établissement extrêmement sécuritaire doté de règles d’accès strictes harmonisées aux politiques provinciales en matière de protection des renseignements personnels.

Cette nouvelle infrastructure sera-t-elle liée aux autres ressources de calcul informatique de pointe de la Colombie-Britannique?
M. Santos :
Elle sera hébergée par le Centre de sciences génomiques et mise à la disposition des chercheurs dans le cadre de notre protocole d’entente avec Calcul Canada.

Qu’est-ce que vous préférez dans votre emploi?
Mme Sill :
J’ai étudié en biologie, alors je sais à quel point la recherche dans ce domaine est complexe et laborieuse. Savoir que nous pouvons faire gagner du temps aux chercheurs ou les aider à s’attaquer à des problèmes d’envergure, voilà qui alimente ma passion pour mon travail.

M. Santos :
J’aime savoir que, au bout du compte, j’aide les chercheurs et les médecins à vaincre le cancer.

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