Research PortalExemples de soumissions admissibles au CPPR

Anglais

Le Concours des plateformes et portails de recherche (CPPR) cible les projets de création ou d’amélioration de plateformes ou de portails destinés à une communauté scientifique.

Nous encourageons les groupes à participer au CPPR si leur demande entre dans l’une des catégories suivantes :

  • Ressources demandées par un grand groupe d’utilisateurs, qui les redistribuera ensuite à des personnes ou à de petits groupes.
  • Mise en place d’une plateforme publique utilisant les services informatiques ou de stockage de Calcul Canada.
  • Groupes participant à des ententes internationales pour la fourniture pluriannuelle de solutions informatiques ou de stockage à partir du Canada.
  • Bénéficiaires du Fonds des initiatives scientifiques majeures de la Fondation canadienne pour l’innovation.
  • Groupes offrant la consultation de données partagées au moyen de l’interface d’un tiers (et non celle de Calcul Canada).

La première édition du CPPR nous a valu un grand nombre de candidatures de haute qualité, et nous en attendons davantage en 2017. Les exemples de demandes acceptées en 2015, proposés ci-dessous, font ressortir toute la diversité de portées, d’échelles et de disciplines des projets admissibles à ce concours. Si vous avez des questions au sujet des critères d’admissibilité au concours ou si vous souhaitez discuter de votre intérêt à soumettre une demande, veuillez communiquer avec nous.

Exemples

Consortium international de l’épigénome humain (IHEC) - Portail

Nom du projet :
Consortium international de l’épigénome humain (IHEC)

Discipline :
Épigénomique

Demandeur :
Guillaume Bourque, Ph. D., professeur agrégé, Département de génétique humaine, Université McGill et directeur du Service de bio-informatique, Université McGill et Centre d’innovation Génome Québec

Sommaire du projet de recherche :
Le Consortium international de l’épigénome humain (IHEC) est un regroupement mondial ayant pour principal objectif de fournir aux scientifiques un accès libre à des cartes de référence de l’épigénome humain à haute résolution pour des types de cellules normales et malades. Les cartes de référence de l’épigénome peuvent apporter des indications éclairantes sur de nombreuses maladies et mener à la découverte de nouveaux traitements. De plus, de nombreux membres du consortium appuient des projets visant à améliorer les technologies appliquées à l’épigénome, à étudier la régulation épigénétique dans les processus morbides et à explorer les relations entre la génétique et l’environnement chez l’humain.

L’IHEC héberge également un portail de données où les utilisateurs peuvent consulter, rechercher et télécharger les données publiées par les différents projets associés à l’IHEC au moyen de la plateforme d’analyse génétique et génomique (GenAP).

Critères applicables :
Mise en place d’une plateforme publique utilisant les services informatiques ou de stockage de Calcul Canada.

Le portail de données de l’IHEC répond à un besoin d’intégration et de distribution des ensembles de données produites par les divers membres du consortium. Créé et exploité par le centre de coordination des données épigénomiques (EDCC) et le centre de cartographie épigénomique (EMC) de l’Université McGill, il se compose d’une base de données et d’une interface graphique renfermant actuellement 5 500 ensembles de données épigénomiques. Il offre un aperçu des expériences sur le séquençage du génome réalisées par les membres de l’IHEC, classées par fournisseur, par type de tissu et par type d’épreuve biologique. Grâce à une grille dynamique, l’utilisateur peut parcourir les ensembles de données et les visualiser dans un navigateur de génome ou les télécharger, d’un simple clic sur un lien. Les collaborateurs et l’ensemble de la communauté scientifique ont un accès contrôlé aux données par l’intermédiaire du portail, grâce aux grappes d’ordinateurs puissants de Calcul Canada qui gèrent le grand volume de données issues de la production de cartes de référence de l’épigénome. En facilitant la distribution et l’interprétation des données, le portail de l’IHEC accélère l’application des connaissances en épigénomique dans les domaines de la santé et du traitement des maladies. À ce jour, le projet a mis à la disposition des utilisateurs les données de 393 types de cellules de différents tissus et exécuté les analyses épigénomiques de 3 565 ensembles de données issues des essais réalisés au moyen des nœuds de calcul alloués à l’IHEC : 855 séquençages ARN, 163 methylomes, 2 547 séquençages ChIP (données d’entrée en plus de six marques d’histones).

 

Ocean Networks Canada - Portail

Nom du projet :
Ocean Networks Canada

Discipline :
Sciences de la Terre et de l’environnement

Demandeur :
Benoît Pirenne, directeur, mobilisation des utilisateurs, Ocean Networks Canada

Sommaire du projet de recherche :
Ocean Networks Canada (ONC) est un organisme sans but lucratif fondé en 2007 par l’Université de Victoria, avec pour mandat de créer et d’exploiter les observatoires NEPTUNE et VENUS, de hisser le Canada au rang de chef de file mondial dans les domaines de l’océanographie et des technologies d’observation sous-marine, et de dégager un maximum d’avantages économiques et sociétaux associés à la commercialisation et au rayonnement de ces outils. Les observatoires océaniques câblés NEPTUNE et VENUS collectent des données relatives aux aspects physiques, chimiques, biologiques et géologiques de l’océan sur de longues périodes. Cette source novatrice de données alimente la recherche sur les processus complexes de la Terre. Le réseau câblé de 800 km de NEPTUNE et celui de l’observatoire côtier VENUS, qui atteint presque 50 km, forment à eux deux le réseau d’observatoires Ocean Networks Canada. Celui-ci diffuse par Internet, en continu et en direct, les données collectées par les instruments installés à des lieux stratégiques, au large de la côte de la Colombie-Britannique, à l’intention des scientifiques, des décideurs, des enseignants et du public du monde entier. Les observatoires offrent en outre des fonctions scientifiques et techniques uniques de commande à distance des instruments et de communication des données aux chercheurs dans leurs laboratoires, n’importe où dans le monde et en temps réel.

Critères applicables :
Bénéficiaires du Fonds des initiatives scientifiques majeures de la Fondation canadienne pour l’innovation.
En octobre 2012, les gouvernements du Canada et de la Colombie-Britannique ont annoncé l’octroi d’une enveloppe supplémentaire de 41,7 millions de dollars à Ocean Networks Canada (ONC) par l’intermédiaire du Programme des initiatives scientifiques majeures (ISM) de la Fondation canadienne pour l’innovation (FCI). De cette somme, 32,8 millions proviennent de la FCI et 8,9 millions du gouvernement de la Colombie-Britannique. Les fonds des ISM sont affectés aux projets d’ONC, notamment le parachèvement de la plus grande station complexe sous-marine de détection de tsunami dans le monde entier, l’installation de nouveaux instruments en vue d’améliorer la sécurité maritime dans le détroit de Géorgie et la première plateforme porte-instruments sous-marine en Arctique.

TAPoR - Portail

Nom du projet :
TAPoR

Discipline :
Sciences humaines

Demandeur :
Geoffrey Rockwell, professeur, informatique appliquée à la philosophie et aux sciences humaines, Université de l’Alberta; Directeur, Kule Institute for Advanced Study

Sommaire du projet de recherche :
Le portail TAPoR met à la disposition des chercheurs divers outils en ligne de manipulation, d’analyse et de visualisation de textes électroniques. Les utilisateurs y trouvent des outils d’analyse qu’ils peuvent commenter. Il en va de l’utilité du portail de rester en activité en tout temps. TAPoR offre de multiples possibilités :

  • Découvrir les outils de manipulation, d’analyse et de visualisation de texte
  • Découvrir d’anciens outils
  • Lire les critiques et les recommandations liées aux outils
  • Trouver des articles et autres sources d’information sur les outils
  • Étiqueter, commenter, évaluer et critiquer les outils dans un environnement collaboratif

Critères applicables :
Mise en place d’une plateforme publique utilisant les services informatiques ou de stockage de Calcul Canada.

La plateforme publique Text Analysis Portal for Research (TAPoR) enregistre chaque jour entre 150 et 200 visiteurs de plus de 100 pays, notamment les États-Unis, le Canada, le Royaume-Uni, l’Australie, l’Inde, l’Allemagne, le Brésil et les Pays-Bas. Depuis son lancement en 2012, ses fondateurs l’ont tenu à jour et constamment adapté en fonction des besoins des chercheurs en sciences humaines numériques. La candidature de la plateforme TAPoR au CPPR 2015 concernait son projet de renouvellement et d’expansion prévoyant, grâce à une subvention de partenariat du Conseil de recherches en sciences humaines (CRSH), l’intégration d’une nouvelle fonctionnalité l’unissant à Text Mining the Novel (TMN), une initiative multiuniversitaire dans le domaine des sciences humaines numériques dirigée par Andrew Piper, professeur agrégé au département d’histoire de l’art et de communications de l’Université McGill. Dans le cadre du projet TMN, TAPoR servirait de plateforme où le code d’exploration de texte créé par le réseau de chercheurs serait mis à la disposition de la communauté universitaire en études textuelles, accompagné de la « recette » ou de la documentation sur les méthodes d’exploration de texte. Ce bac à sable virtuel, lieu d’expérimentation des méthodes d’exploration, pourrait être adapté pour les sciences humaines interprétatives. Les ressources de calcul et de stockage demandées pour la plateforme TAPoR permettront d’utiliser :

  • un portail de production ou un serveur Web comme interface principale de la plateforme;
  • un serveur de travail pour l’exécution des tâches de calcul;
  • un espace de stockage pour l’exécution et l’enregistrement du code.

Les membres de l’équipe de TAPoR collaborent également avec les conseillers en sciences humaines numériques de Calcul Canada en vue de définir les pratiques exemplaires de production et de partage d’un code exécutable sur les systèmes de Calcul Canada. Le projet TMN réunit toutes les conditions pour tirer parti des ressources de Calcul Canada en vue de concevoir, de tester, de décrire et de partager les méthodes d’exploration de texte qui présentent un intérêt pour les chercheurs en études textuelles partout au pays.

 

ATLAS - Plateforme

Nom du projet :
ATLAS

Discipline :
Physique

Demandeur :
Reda Tafirout, chercheuse, TRIUMF

Sommaire du projet de recherche :
L’expérience ATLAS menée au Grand collisionneur de hadrons (LHC) étudie les collisions proton-proton, proton-plomb et plomb-plomb à très haute énergie. La densité énergétique sans précédent qui en résulte permet aux chercheurs d’étudier la structure de la matière à la plus petite échelle jamais observée, dans le but d’approfondir leurs connaissances des forces fondamentales de la nature, de découvrir l’origine de la matière et de faire progresser la recherche en physique au-delà du modèle standard de la physique des particules. L’expérience collecte plusieurs pétaoctets de données brutes chaque année durant les périodes d’activité du LHC, en plus de produire de nombreux ensembles de données dérivées et simulées. L’énorme volume de données générées par ATLAS est distribué et analysé sur la Grille de calcul mondiale pour le LHC (GCML), un réseau international de centres de calcul de pointe, dont le Canada est un maillon essentiel qui fournit un centre de niveau 1 à TRIUMF et quatre centres de niveau 2 à Calcul Canada.

Critères applicables :
Groupes participant à des ententes internationales pour la fourniture pluriannuelle de solutions informatiques ou de stockage à partir du Canada.
Près de 3 000 chercheurs membres de 177 institutions dans 38 pays participent à ATLAS. Les ressources de calcul sont la clé de voûte du programme de recherche et des percées scientifiques. Le programme scientifique ATLAS dans son ensemble exige une immense capacité de stockage sur disque et des ressources de calcul à l’échelle mondiale. Le Canada a créé des portails, qui comportent un élément de calcul agissant comme une passerelle pour les tâches d’ATLAS et un gestionnaire des ressources de stockage qui donne accès à la mémoire sur disque. Ces portails sont entièrement intégrés aux systèmes de gestion des données et de gestion de la charge de travail d’ATLAS. En outre, l’utilisation de deux centres de niveau 2 dans les installations de Calcul Canada, l’un dans l’Est et l’autre dans l’Ouest, équilibre les charges entre les établissements tout en exploitant les connaissances qui y ont été accumulées au cours des cinq à sept dernières années d’exploitation et d’intégration à la GCML. ATLAS-Canada collabore avec Calcul Canada depuis sa fondation en vue d’intégrer complètement ses installations à la GCML. À cette fin, les infrastructures de la Grille et du réseau ont été établies, de même qu’une équipe d’experts de haut niveau des quatre coins du pays. Grâce à ces ressources, ATLAS-Canada est en mesure de satisfaire aux besoins d’ATLAS qui génère un volume croissant de données, et le Canada reste concurrentiel sur la scène mondiale. Par exemple, la découverte du boson de Higgs en 2012 n’aurait jamais eu lieu sans l’infrastructure de la GCML, en particulier le centre de niveau 1 de TRIUMF et les centres de niveau 2 de Calcul Canada, qui ont fourni des ressources de calcul supplémentaires et une capacité de stockage cruciales pour cette découverte majeure.

Plateforme d’analyse génétique et génomique (GenAP) - Plateforme

Nom du projet :
Plateforme d’analyse génétique et génomique (GenAP)

Discipline :
Genomics

Demandeur :
Guillaume Bourque, Ph. D., professeur agrégé, Département de génétique humaine, Université McGill et directeur du Service de bio-informatique, Université McGill et Centre d’innovation Génome Québec

Pierre-Étienne Jacques, Ph. D., professeur adjoint, Université de Sherbrooke

Sommaire du projet de recherche :
En 2013, les fonds octroyés par CANARIE et Génome Québec ont servi à créer la plateforme d’analyse génétique et génomique GenAP, en vue de faciliter l’installation et le partage de pipelines d’analyse génétique et génomique à la fine pointe au moyen des infrastructures de calcul informatique de pointe (CIP) de Calcul Canada. GenAP facilite également la mise en œuvre et la distribution d’une nouvelle génération d’outils bio-informatiques pour l’analyse d’ensembles de données privées et publiques. La plateforme contribue à réaliser le plein potentiel de la recherche en génétique et en génomique et jette un éclairage nouveau sur les différents champs d’application des sciences biologiques en aidant un groupe d’utilisateurs peu familiers avec les ressources de CIP à les utiliser avec efficacité. Elle offre en outre des services et des outils de génomique à l’ensemble de la communauté scientifique, notamment le portail de données du Consortium international de l’épigénome humain (IHEC) et des versions publiques du navigateur de génome UCSC et de Galaxy.

Critères applicables :
Mise en place d’une plateforme publique utilisant les services informatiques ou de stockage de Calcul Canada.
Par l’intermédiaire de GenAP, les chercheurs peuvent se connecter au moyen de leur numéro d’identification de Calcul Canada (CCID) afin d’utiliser leurs quotas personnels de calcul et de stockage pour traiter et analyser des données à l’aide d’outils de pointe en génomique sur les ressources de CIP. GenAP offre en outre des services et des outils de génomique à l’ensemble de la communauté scientifique, notamment le portail de données du Consortium international de l’épigénome humain (IHEC) et des versions publiques du navigateur de génome UCSC et de Galaxy. Ces outils voient leur base d’utilisateurs s’accroître tant au pays qu’ailleurs dans le monde et enregistrent déjà plus de 100 visiteurs par jour. Le principal avantage de GenAP est de créer un environnement flexible pour installer, partager et utiliser des outils dans les domaines de la génétique et de la génomique. Cette plateforme intégrée offre également des fonctions incomparables de partage et d’échange de données pour les chercheurs en sciences de la vie. Certains services seront réservés aux utilisateurs canadiens (titulaires d’un compte CCID), tandis que d’autres, comme le portail de données de l’IHEC, auront une portée internationale.

Top