Grâce au CIP, une entreprise crée une meilleure méthode de diagnostic du cancer chez les enfants

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Les puissantes ressources informatiques de Calcul Canada et WestGrid ont permis à un laboratoire de recherche de Vancouver de lancer une entreprise dérivée qui conçoit des techniques d’essai moins onéreuses et plus rapides pour détecter certaines formes de cancer infantile.

Les sarcomes, une forme agressive de cancer qui s’attaque aux os et aux tissus mous des enfants et des adolescents, s’avèrent souvent très problématiques, car les diagnostiquer avec exactitude exige du temps et coûte cher. Habituellement, on doit aussi recourir à plusieurs techniques pour y parvenir. Or, un traitement efficace dépend d’un diagnostic rapide et précis, ce qui est souvent difficile à obtenir en utilisant les méthodes cliniques actuelles.

Un financement partiel du programme de validation de principe de Genome BC a permis à l’équipe de recherche pilotée par Poul Sorensen, scientifique principal à la BC Cancer Agency, qui enseigne la pathologie et la médecine de laboratoire à l’Université de la Colombie-Britannique, de concevoir une nouvelle technique de diagnostic baptisée ChildSeq-RNA. Ce test est le premier outil de diagnostic à recourir au séquençage de la prochaine génération (SPG) pour parvenir à des résultats extrêmement précis (pour ce qui est de l’ADN) en un temps très court. Le succès de ChildSeq-RNA a incité monsieur Sorensen et plusieurs de ses collègues de l’équipe de recherche à fonder Fusion Genomics, une entreprise spécialisée en bio-informatique et dans l’élaboration de tests faisant appel à la SPG.

« Nous étions persuadés que les cliniques qui diagnostiquent les sarcomes infantiles chez leurs patients s’intéresseraient à notre trousse », affirme Mohammad Qadir, directeur scientifique chez Fusion Genomics. « En outre, l’équipe a acquis un savoir-faire en laboratoire et en informatique qu’elle pourrait exploiter pour créer des trousses qui serviront à diagnostiquer d’autres maladies à partir de la même technologie. Nous avons donc compris qu’il était possible de lancer une entreprise rentable, susceptible de répondre à d’importants besoins qui ne sont pas pour l’instant comblés dans le secteur des cliniques de diagnostic. »

Le test ChildSeq-RNA n’aurait pas vu le jour sans les récents progrès accomplis en matière de séquençage de l’ADN et de calcul informatique de pointe. En effet, s’il a fallu plus de dix ans et près de trois milliards de dollars américains pour mener à bien le projet initial du génome humain, désormais, le SNG permet de déchiffrer le génome d’un individu en l’espace de deux ou trois jours pour moins de 5 000 $, et cela, grâce aux grappes de superordinateurs comme celles qu’appuient financièrement Calcul Canada et WestGrid. Le calcul informatique de pointe accélère l’analyse des jeux de données colossaux que produit le SNG.

Fusion Genomics fait appel aux ressources en calcul informatique de pointe de WestGrid et Calcul Canada hébergées à l’Université Simon Fraser pour développer et perfectionner ses épreuves diagnostiques. L’entreprise a besoin d’un environnement sécurisé comme celui que lui procurent Calcul Canada et WestGrid pour effectuer ses analyses. « Choisir WestGrid et Calcul Canada n’a pas été difficile », raconte monsieur Qadir. « Non seulement leur infrastructure est-elle excellente, elle est également très sûre. En outre, nous connaissons bien les administrateurs du site de Burnaby, de l’Université Simon Fraser. Leur solide réputation était pour nous la garantie que nous travaillerions avec une organisation bien rodée et correctement équipée. »

Selon Dugan O’Neil, directeur scientifique de Calcul Canada, la collaboration avec Fusion Genomics s’est faite naturellement.

« Parce qu’ils maîtrisent la puissance des ressources en informatique de pointe, ces chercheurs analysent leurs données plus efficacement. Ajoutez-y leur nouvel outil de diagnostic et la recherche sur le cancer vient de faire un bond passionnant, qui aura un impact direct et bénéfique sur la vie des Canadiens », commente monsieur O’Neil. « Nous sommes fiers d’épauler les travaux de l’équipe et attendons impatiemment d’explorer avec elle d’autres façons de mettre nos ressources informatiques au service de leur réussite. »

Si les techniques moléculaires actuellement employées pour diagnostiquer les sarcomes infantiles exigent plusieurs semaines, en incluant leur application et l’analyse des résultats, la technologie de Fusion Genomic, elle, débouche sur un diagnostic en deux ou trois jours. Monsieur Qadir affirme que ChildSeq-RNA ne fait pas que donner des résultats précis et reproductibles, la technique permet aussi d’économiser du temps et de l’argent.

« Grâce à elle, les données génétiques sont assemblées et analysées sur-le-champ, explique-t-il. Le temps très court requis pour parvenir à un diagnostic permet aux cliniciens de prendre des décisions plus rapides sur les possibilités de traitement, donc d’offrir de meilleurs soins aux patients. »

Les laboratoires cliniques du monde entier devraient largement adopter ChildSeq-RNA et la technique fait maintenant l’objet d’une évaluation clinique au prestigieux Texas Children’s Hospital du Baylor College of Medicine. L’équipe de recherche a aussi publié les résultats de ses travaux dans le Journal of Molecular Diagnostics.

« À notre connaissance, aucune autre entreprise issue d’une université n’est actuellement près de créer une trousse d’essai semblable à celle de Fusion Genomics », croit monsieur Qadir.

Les évaluations cliniques réalisées au collège Baylor seront terminées d’ici la fin de 2014. Ensuite, Fusion Genomics espère que le collège, qui effectue couramment des tests sur de nombreux cas de sarcome en Amérique du Nord, achètera la trousse pour dépister la maladie de manière routinière en clinique. Parallèlement, l’entreprise a entamé des pourparlers avec d’autres laboratoires de référence, dans l’espoir qu’ils adopteront ChildSeq-RNA pour leurs propres épreuves diagnostiques, et met au point des trousses qui serviront à diagnostiquer plusieurs autres maladies.

« Nous élaborons notamment des tests pour les formes résistantes de la tuberculose », précise monsieur Qadir. « Des millions de personnes dans le monde en souffrent. Nous nous sommes associés à des centres mondiaux de premier plan qui dépistent les maladies infectieuses afin de développer cette technologie. »

Font également partie de Fusion Genomics : Brian Kwok — développement technologique, Greg Stazyk — directeur des TI, le directeur de l’exploitation Vikram Chopra — expansion de l’entreprise et réglementation, ainsi que Shing Zhan — biologiste-informaticien. Les travaux en bio-informatique que poursuit présentement Fusion Genomics bénéficient également d’une subvention du Programme d’aide à la recherche industrielle du Conseil national de recherches. À longue échéance, l’entreprise songe à prendre la tête sur le marché du développement des tests d’hybridation reposant sur le SNG non seulement en médecine, mais aussi en agriculture et dans le domaine de la pérennité environnementale.

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