Julie Forman-Kay

Anglais

Julie Forman-Kay étudie les protéines dont la structure diffère du modèle fixe à trois dimensions. Il importe de comprendre ces protéines, appelées protéines intrinsèquement désordonnées (PID), pour mieux comprendre des maladies comme la fibrose kystique. Mme Forman-Key a créé un logiciel libre d’analyse des PID appelé ENSEMBLE. http://pound.med.utoronto.ca/~JFKlab/

Dans son laboratoire de l’Hôpital SickKids de Toronto, Julie Forman-Kay dédie sa carrière à l’étude des protéines intrinsèquement désordonnées. Il s’agit de protéines dénuées d’une structure unique bien définie et dont la fonction dépend de leur passage entre de multiples états. Il est difficile de décrire ces protéines qui jouent un rôle dans plusieurs processus biologiques essentiels et un ensemble de maladies et de troubles, du cancer à l’autisme. C’est pourquoi la chercheuse a écrit un programme à forte intensité de calcul appelé ENSEMBLE, qui vise à définir des ensembles d’états de protéine désordonnée à l’aide de données expérimentales. Elle se sert des ressources de Calcul Canada dans le cadre de ce projet.

« En substance, l’idée est de caractériser les ensembles de protéines désordonnées à l’aide de données expérimentales, explique-t-elle. Le but ultime est de comprendre le fonctionnement des états des protéines désordonnées en biologie et dans les troubles. »

Dans le cadre d’un autre projet qui utilise également des ressources de Calcul Canada, son équipe étudie une grande protéine (transformée en fibrose kystique) dotée de régions repliées et désordonnées. « Nous avons employé et élaboré diverses approches de simulation. Nous travaillons étroitement avec un collaborateur en Israël, associé à mon compte. Nous simulons avec lui la dynamique moléculaire et comparons nos structures d’ensemble de la région désorganisée, ses simulations et nos données expérimentales. »

Mme Forman-Kay juge « essentielle » la contribution de Calcul Canada à son travail. « Les protéines désordonnées sont complexes et tous les outils que nous créons requièrent une forte intensité de calcul, car les expériences n’arrivent pas seules à les définir clairement. Il faut d’énormes échantillons de conformations. La seule façon d’y parvenir est de faire appel à la puissance dont dispose Calcul Canada. »

Top