Jacques Corbeil

Anglais

Jacques Corbeil concentre spécifiquement sa recherche à mettre au point des outils logiciels massivement distribués pour les chercheurs en génomique. Il a créé et tient à jour un outil parallèle de séquençage d’ADN libre d’accès appelé Ray qui permet aux autres chercheurs d’approfondir leur connaissance de l’influence du microbiome humain sur la santé humaine (spécifiquement, les maladies auto-immunes). http://denovoassembler.sourceforge.net/

Cette recherche vise surtout à mettre au point des outils logiciels massivement distribués pour les chercheurs en génomique. Ces outils participent aussi à la résolution de problèmes complexes en biologie et en médecine. L’infrastructure de Calcul Canada sert à entreposer les données biologiques produites par les expériences scientifiques, mais aussi à exécuter les outils logiciels massivement distribués afin d’obtenir rapidement les résultats. L’an dernier, nos activités de recherche ont notamment porté sur la distribution de plusieurs versions de Ray (un assembleur largement distribué de génomes), le projet international Assemblathon 2 et la métagénomique, qui a déjà généré une publication tandis qu’un second texte est en révision. Les résultats de cette recherche pourraient bien avoir des répercussions concrètes pour les Canadiens, notamment l’approfondissement de notre compréhension du rôle des microbiomes humains, traduisant la recherche en boîtiers applicatifs prêts en vue de produire des cadres et des méthodes de travail améliorés pour mettre au point et créer des outils logiciels massivement distribués. Cette recherche serait impossible sans l’infrastructure de Calcul Canada, car le séquençage d’ADN parallèle requiert des outils logiciels parallèles.

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