Gane Ka-Shu Wong

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Gane Ka-Shu Wong est associé à la fois au Département de sciences biologiques et au Département de médecine de l’Université de l’Alberta. Il définit et crée de nouvelles applications rendues possibles par la réduction exponentielle des coûts de séquençage de l’ADN et de l’ARN. Son travail n’est pas[MH1] spécifique à un organisme, mais couvre beaucoup de domaines de recherche biologique et médicale. L’analyse computationnelle joue toutefois un rôle déterminant dans tous ses projets. https://sites.google.com/a/ualberta.ca/professor-gane-ka-shu-wong/home

Les activités de M. Wong à l’Université de l’Alberta s’axent principalement sur le séquençage afin d’identifier les agents microbiologiques dans des spécimens cliniques, notamment pour la détection de l’intégration rétrovirale dans les génomes de l’hôte, la détection par capture d’infections virales à très faible nombre de copies et la caractérisation métagénomique des populations bactériennes dans l’intestin humain (particulièrement lors de transplantation fécale). Sa recherche utilise également la science omique unicellulaire pour caractériser les altérations génétiques qui sous-tendent la métastase du cancer.

M. Wong entretient de nombreuses collaborations internationales, en partie du fait de sa longue association avec le BGI-Shenzhen, le plus important organisme de recherche sur le séquençage au monde. Il dirige un consortium multidisciplinaire qui a séquencé les transcriptomes de plus de 1 000 espèces végétales de Viridiplantae, donnant une première approximation de chaque famille de plantes connue. Cette initiative a notamment fait naître un programme de conception d’outils moléculaires pour les neurosciences (c. à d. l’optogénétique). M. Wong utilise les ressources de Calcul Canada pour héberger un large ensemble de données pour son projet d’étude de 1 000 espèces végétales. Il se sert également de cycles de calcul dans le cadre de diverses collaborations biomédicales avec des cliniciens de l’Université de l’Alberta, notamment pour la découverte virale et l’intégration provirale, la métagénomique des bactéries intestinales dans le cadre de la bactériothérapie fécale et la génomique en présence de métastase du cancer (du sein et de la prostate). « Tous ces projets génèrent beaucoup de données de séquences ADN et ARN, qui nécessitent l’aide précieuse de Calcul Canada. »

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