Entretien avec le Dr Guillaume Bourque au sujet de la plateforme de ressources sur la COVID-19

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Calcul Canada et ses partenaires régionaux, ACENET, Calcul Québec, Compute Ontario et WestGrid, mettent en lumière les efforts soutenus des chercheurs canadiens pour l’élaboration de solutions de lutte contre la pandémie de COVID-19.

Ce premier article de notre série porte sur la plateforme de ressources sur la COVID-19 lancée par le Dr Guillaume Bourque, professeur au département de génétique humaine de l’Université McGill et directeur de la bioinformatique au Centre de génomique de McGill, en collaboration avec un groupe de bénévoles. Le Dr Bourque est un utilisateur de la base de données de Calcul Canada (CCDB), et fait appel au calcul informatique de pointe (CIP) pour son travail.

La Fédération s’engage à soutenir les chercheurs en leur offrant l’accès aux ressources de calcul de pointe et l’expertise de ses équipes techniques. 

Accès aux ressources de calcul de pointe

Comment le projet de la plateforme de ressources sur la covid-19 a-t-il débuté?

Un collègue m’a initialement contacté pour concevoir un outil en ligne qui servirait à partager de l’information sur les réactifs chimiques dans le cadre de projets de recherche sur la COVID-19. . Avant de passer à l’étape de la conception, j’ai décidé de demander sur Twitter si quelqu’un travaillait déjà sur un projet similaire. C’est ainsi que je suis entré en contact avec d’autres chercheurs. Nous avons finalement décidé de travailler ensemble sur un portail quii permettrait aux chercheurs de collaborer..

Comment les gens peuvent-ils soutenir la plateforme et collaborer pour aider à combattre cette pandémie?

La plateforme est construite sur un modèle de production participative (crowdsourcing). Maintenant qu’elle est en place, les gens peuvent l’utiliser et y ajouter de l’information pour qu’elle devienne une ressource vraiment complète.

Pouvez-vous nous en dire plus sur la façon dont vos collaborateurs contribuent aux initiatives énumérées sur le site web?

Tout a réellement commencé sur Twitter, puis un groupe d’environ 20 collaborateurs s’est mis à tenir des rencontres virtuelles à l’aide d’outils comme Zoom et Slack. Nous avons décidé du contenu et de la structure de la plateforme, et nous recevons maintenant de l’information par l’intermédiaire de formulaires en ligne, que nous vérifions et incluons ensuite sur le site web.

Certains de vos utilisateurs ont-ils accès à des ressources de calcul informatique de pointe (CIP)?

Des chercheurs ont accès à des ressources de CIP pour certains projets de recherche sur la COVID-19. Par exemple, je travaille dans le domaine de la génomique, et dans le cadre de certains projets qui viennent de démarrer, nous allons séquencer à la fois les personnes infectées et le virus lui-même. Ces projets nécessiteront des ressources informatiques importantes pour la phase d’analyse. La base de données de réactifs chimiques qui sera bientôt incluse dans notre plateforme sera également hébergée sur une machine virtuelle chez Calcul Québec.

De quoi avez-vous besoin pour mettre en place une base de données de ressources complète sur les efforts liés à la COVID-19 au Canada?

Nous espérons que la communauté nous aidera à consolider ce réseau afin que nous puissions éviter le chevauchement des efforts et centraliser certaines ressources.

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