Détective de l’ADN

La Fondation Canadienne pour l’Innovation a créé une série de cinq profils de chercheurs qui utilise la puissance des données volumineuses.
Par Sharon Oosthoek

Guillaume Bourque

Guillaume Bourque, Université McGill

Si vous comparez les génomes de n’importe quelle combinaison de personnes provenant de n’importe où dans le monde, vous constaterez qu’ils sont identiques à 99,5 pour cent. Les différences résident dans le 0,5 pour cent restant, y compris la prédisposition à diverses affections, du cancer à la maladie d’Alzheimer.

Puisque le génome humain est constitué de plus de trois milliards de nucléotides, cette fraction représente tout de même une quantité considérable à analyser. Et pour compliquer encore davantage les choses, les variations dans la séquence de nucléotides peuvent survenir à peu près n’importe où dans le génome.

Il n’est donc pas surprenant qu’au moment de rechercher des variations communes dans un groupe de personnes souffrant de la même maladie, les chercheurs se tournent vers des solutions informatiques très puissantes.

Au Canada, bon nombre d’entre eux envoient leurs échantillons génétiques de sang ou de tissus tumoraux au laboratoire de Guillaume Bourque, génomicien de l’Université McGill.

Après le séquençage de l’ADN, le docteur Bourque et son équipe prennent les millions de fragments d’ADN de l’échantillon d’un patient précis et les rassemblent en un seul génome. Ils comparent ensuite le génome de chaque patient à un génome de référence représentant une compilation de personnes en santé.

« Nous pouvons recevoir des échantillons de 1 000 patients atteints de la même maladie, affirme le chercheur. Nous analysons ces échantillons dans le but de découvrir s’ils présentent une variable commune, mais différente de ce qu’on observe chez la plupart des gens. Et dans ce sens, l’informatique joue un rôle de premier plan. »


Trouver d’autres examples de recherche en action sur Innovation.ca, le site Web de la Fondation Canadienne pour l’Innovation. Vous y trouverai ces podcasts à l’origine.

Au sujet de la série

L’incroyable puissance du calcul de haute performance qui permet d’exploiter des ensembles de données volumineuses en vue de trouver des réponses à un impressionnant éventail de questions de recherche caractérise le calcul informatique de l’ère moderne. Les travaux de recherche menés sont de plus en plus alimentés par des initiatives de numérisation d’envergure, des dispositifs à haut débit, des réseaux de capteurs ainsi que la modélisation mathématique et la simulation par ordinateur, lesquels génèrent des ensembles de données dont la taille et la complexité sont sans précédent. Nous vous présentons cinq chercheurs dont les travaux s’appuient sur les capacités de calcul avancé.

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