Les prix d’excellence de Calcul Canada

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Prix pour services insignes

John Simpson
Spécialiste en humanités numériques, Université de l’Alberta/Calcul Canada

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Avec un nombre impressionnant de nominations, il est clair que John Simpson est l’ami des chercheurs en sciences sociales. En décembre 2014, il devenait le premier spécialiste en humanités numériques chez Calcul Canada. Il a créé les outils, les programmes de formation et le cadre de soutien à l’échelle nationale pour répondre aux besoins particuliers en informatique de pointe des chercheurs en humanités numériques au Canada, une communauté d’utilisateurs des ressources de Calcul Canada en pleine croissance.

John a une formation en philosophie et en informatique et, dans une lettre de mise en nomination signée par six chercheurs, on souligne qu’il a su faire preuve de leadership et de vision pour rallier les troupes et créer un pont entre les chercheurs en humanités numériques et Calcul Canada.

Les chercheurs affirment qu’il a contribué à éveiller la recherche universitaire aux avantages du calcul informatique de pointe et de l’utilisation des ressources de Calcul Canada : dans les récentes consultations en rapport avec le PDIPR2, la participation des chercheurs du domaine des humanités numériques s’est accrue de 45 %. Une de ses plus importantes contributions a été d’inciter les chercheurs à se servir des services infonuagiques de Calcul Canada qui se sont avérés plus pratiques pour les chercheurs en humanités numériques que l’informatique traditionnelle basée sur le traitement en lots.

Il a aussi tissé des liens plus étroits entre Calcul Canada et le Conseil de recherches en sciences humaines, et aidé à organiser la toute première édition du défi Données ouvertes sur les dimensions humaines.

« John a déjà fait une présentation lors d’une conférence sur les humanités numériques et a reçu une ovation debout par ses pairs pour l’excellent travail qu’il fait pour la communauté des chercheurs, écrivait Lindsay Sill, directrice générale de WestGrid. On l’appelle parfois Dynamo : c’est une excellente description puisqu’il y a véritablement quelque chose d’unique dans sa façon d’approcher ses responsabilités et dans son efficacité. »

Prix d’excellence – Calcul Canada

Weiguang Guan
Spécialiste en vision informatique, SHARCNET
Chercheur, Université McMaster

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En 2009, John Connolly avait devant lui deux grands défis qui semblaient insurmontables : restructurer le département des langues et de la linguistique de l’Université McMaster tout en trouvant du temps pour mettre en place un laboratoire d’imagerie cérébrale pour étudier les troubles du langage y compris l’autisme non verbal et les lésions cérébrales récentes.

« J’avais vraiment besoin d’un ingénieur en recherche de haut calibre pouvant travailler à la création d’un laboratoire d’électrophysiologie de haut niveau et faciliter mes objectifs de recherche. C’est à ce moment-là que l’on m’a présenté Weiguang, une personne sur qui je pouvais compter pour mener le projet à bien. Tout à coup l’impossible devenait faisable » écrivait John Connolly dans sa lettre de nomination.

Le directeur du département des langues et de la linguistique de l’Université McMaster ne tarit pas d’éloges sur l’impressionnante gamme de compétences de Weiguang Guan, allant de la programmation à la reprogrammation en passant par l’apprentissage-machine et les méthodes statistiques. « Certains de ces domaines étaient nouveaux pour lui, mais la vitesse à laquelle il a développé une véritable expertise est extraordinaire.

Fiable, dévoué, patient, généreux de son temps, voilà quelques-uns des qualificatifs qui font de lui un véritable atout pour une équipe, d’ajouter John Connolly. Mon laboratoire est maintenant beaucoup plus grand qu’il ne l’était, et nous effectuons de la recherche qui présente d’importantes caractéristiques en traduction des savoirs; nous offrons aussi aux étudiants de tous les cycles des connaissances dont ils se serviront toute leur vie. La contribution de Weiguang à ces résultats est tout à fait inestimable. »

Prix d’excellence – Calcul Canada

Minh-Nghia Nguyen
Analyste de système, Université de Sherbrooke

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Il faut une capacité quasi inimaginable de CIP pour créer un algorithme pouvant battre un humain au poker, mais les chercheurs de l’Université de l’Alberta ont prouvé que cela pouvait être fait avec le soutien de haut niveau et les ressources de Calcul Canada.

Minh-Nghia Nguyen était disponible à toute heure de la journée pour aider le groupe de recherche informatique sur le poker de l’Université de l’Alberta à créer un programme de poker pouvant jouer une partie statistiquement parfaite du Texas hold’em à deux joueurs, un véritable jalon en recherche sur l’intelligence artificielle et en théorie du jeu.

« Notre programme, appelé Cepheus, s’est appris à jouer au poker à partir de rien. Après environ 1000 années-cœurs de calcul, son rendement a convergé vers un jeu parfait et imbattable, » écrivait Mike Johanson, un informaticien de l’Université de l’Alberta dans sa lettre de nomination, en ajoutant que Minh-Nghia était allé au-delà de toutes les attentes dans ses tâches pour faire en sorte que ce projet d’une durée de trois mois ait toutes les ressources nécessaires à son succès.

« Quand nos tâches titanesques de 200 nœuds furent soumises, il est intervenu rapidement et manuellement pour organiser les tâches. Quand des nœuds individuels ont connu des échecs ou qu’il y a eu des erreurs dans les lecteurs, il a répondu quasi immédiatement à nos courriels (à toute heure du jour!) pour corriger la situation et repartir le tout, » écrivait Mike Johanson. Sans son soutien, a-t-il ajouté, le projet aurait certainement été long et pénible, et son succès était loin d’être assuré. »

Publiée l’an dernier dans Science et dans des journaux partout dans le monde, la recherche montre le potentiel de l’intelligence artificielle dans le traitement de scénarios complexes et réels sur le terrain comme la sécurité nationale et les soins de santé.

Prix d’excellence – Calcul Canada

David Morais
Spécialiste en bio-informatique, Génome Québec
Analyste de système, Université de Sherbrooke

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La recherche en génétique avance à vitesse grand V pour nous offrir des tests diagnostiques plus rapides et plus exacts, et ce, à moindre cout pour une série de maladies, incluant l’autisme, la sclérose en plaques et le cancer. David Morais, un expert en bioinformatique, travaille à accélérer cette recherche en créant des outils pratiques qui permettront un accès plus facile aux ressources de CIP afin d’analyser une masse d’information génomique.

Guillaume Bourque de l’Université McGill, l’une des trois personnes qui ont mis David Morais en nomination, a félicité son collègue pour avoir travaillé du début à la fin à l’intégration de la plateforme Galaxy à GenAP, un outil très puissant pour analyser l’ADN. GenAP utilise à la fois le réseau haute vitesse de CANARIE et les ressources de Calcul Canada pour permettre un partage des données plus rapide et pour réduire les embouteillages informatiques associés au traitement des mégadonnées.

Comme le souligne Guillaume Bourque, il en résulte un outil d’analyse génomique facile à utiliser, même pour les débutants. C’est maintenant l’outil de choix pour les ateliers et les cours universitaires.

Dans sa lettre de nomination, Pierre-Étienne Jacques de l’Université de Sherbrooke a mentionné que David Morais avait aidé plus de cent chercheurs qui autrement n’auraient jamais pu utiliser l’infrastructure de Calcul Canada. Il ajoute qu’ils travaillent actuellement à porter la plateforme GenAP Galaxy sur la scène internationale pour publiciser divers outils de génomique et de génétique créés par des groupes de recherche du Canada.

Prix d’excellence – Calcul Canada

Hossein Pourreza
Spécialiste en CIP, Université du Manitoba

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Hossein Pourreza sait exactement ce que les chercheurs et les ingénieurs souhaitent : la possibilité d’effectuer plus de recherche en moins de temps et avec moins de problèmes techniques. Sa spécialité est de faire tomber les obstacles informatiques qui menacent de retarder ou même de faire dérailler des années de recherche scientifique dans des domaines aussi variés que la santé humaine et l’efficacité énergétique.

Une des personnes qui l’a mis en nomination, le professeur Scott Ormiston, de l’Université du Manitoba, a déclaré qu’Hossein avait travaillé pendant des heures et même le weekend pour aider un étudiant aux prises avec de graves lacunes en ressources d’informatique de pointe.

Cinq ans après avoir commencé son doctorat, Foad Hassaninejadfarahani s’est retrouvé face à un écueil qui aurait ajouté une ou deux autres années à un projet pour lequel « l’obtention de résultats et le traitement de problèmes au moment opportun étaient d’une importance capitale » peut-on lire dans la nomination du professeur Ormiston. Foad travaille à la création d’un logiciel pour comprendre les interactions entre les liquides et les gaz, ce qui pourrait amener à la conception d’échangeurs d’air plus rentables et moins énergivores dans les réseaux électriques, les systèmes de réfrigération et la transformation chimique.

Pour valider sa recherche et terminer son projet à temps, il avait besoin de 800 cœurs-années en ressources de CIP, soit l’équivalent de l’utilisation continuelle d’un microprocesseur informatique pendant 800 ans. Ceci représentait 90 % plus de capacité que son groupe de recherche avait. Avec l’aide d’Hossein, Foad a pu avoir accès à 400 cœurs-années de ressources en CIP par Calcul Canada.

Grâce au travail d’Hossein, bon nombre de chercheurs en sont venus à mieux connaitre les superordinateurs. Ines Martinez Ramos, une boursière postdoctorale à l’Université de l’Alberta, a mentionné qu’Hossein l’avait aidée à traiter des données génomiques qui ont fait avancer notre compréhension du microbiote intestinal et de son rôle dans la santé, la nutrition et la maladie.

« Hossein a été un soutien incroyable pour ma recherche, » écrit-elle. Mes connaissances en bioinformatique sont restreintes et c’était la première fois que je travaillais avec des services à distance (de même que sur WestGrid). Chaque étape du processus était donc nouvelle pour moi … et il a eu la gentillesse de tout m’expliquer en détail afin que je puisse mieux comprendre comment se déroulait le processus. »

Prix du bâtisseur

Dugan O’Neil
Directeur scientifique, Calcul Canada
Professeur à l’Université Simon-Fraser

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Fournir la puissance du calcul informatique de pointe (CIP) en recherche à plus de 10 000 chercheurs canadiens requiert une infrastructure numérique sophistiquée. Aussi, tirer profit du potentiel d’une telle infrastructure nécessite-t-il des personnes possédant compétences techniques, qualités de leadership et aptitudes en relations humaines, pour en assurer la viabilité au sein d’une communauté scientifique diversifiée qui englobe le génie, les sciences naturelles, la santé et les sciences sociales et humaines.

Dugan O’Neil est telle personne. Le directeur scientifique de Calcul Canada et lauréat du premier prix du bâtisseur de Calcul Canada est un physicien des particules, professeur et membre du projet ATLAS. En tant que scientifique accompli dont les travaux se basent sur le calcul informatique de pointe depuis plus d’une décennie, il a consacré la plupart de son temps à comprendre les besoins en informatique d’autres scientifiques pour qu’ils puissent produire des recherches concurrentielles à l’échelle mondiale.

Arthur McDonald, colauréat du prix Nobel de physique de 2015, attribue à Dugan O’Neil le mérite « d’avoir veillé à ce que les expériences chez SNOLAB, dont les projets DEAP et SNO+ dirigés par des Canadiens, reçoivent les ressources et le soutien technique nécessaires. »

Norbert Haunerland, vice-président adjoint de la recherche à l’Université Simon-Fraser, affirme que Dugan O’Neil lui a insufflé sa passion pour le CIP. « Dugan était comme un évangéliste quand il parlait de la valeur et du potentiel du CIP pour Simon-Fraser et le reste du pays. Non seulement m’a-t-il convaincu, mais il a aussi rencontré plusieurs communautés, de la physique et la génomique à la médecine et aux sciences sociales, et il a obtenu beaucoup d’appui en faveur d’un concept élargi pour Calcul Canada ».

L’implication de Dugan O’Neil dans CC remonte à 2003 alors qu’il testait la version bêta des ressources de WestGrid à Simon-Fraser et à l’Université de la Colombie-Britannique. Son groupe a utilisé WestGrid pour traiter des centaines de téraoctets de données brutes issues des expériences DZero du Fermilab , ATLAS au grand collisionneur de hadrons du CERN, ainsi que pour étudier l’énigmatique boson de Higgs qui procure une masse aux particules fondamentales.

« Dugan est amical, accessible, passionné et travailleur et, contrairement aux particules subatomiques, il est très organisé », de dire Lindsay Sill, directrice administrative de WestGrid qui a collaboré avec lui pendant presque neuf années. « Nous sommes sans cesse félicités pour notre excellent travail scientifique dont bénéficient les Canadiens et Canadiennes; cela est en grande partie dû au travail acharné de Dugan. »

La longue liste des réalisations de Dugan O’Neil avec CC comprend la direction des consultations pour le Plan durable pour l’informatique de pointe en recherche auprès des utilisateurs du CIP afin de répertorier leurs futurs besoins; la mobilisation et le développement de communautés en humanités numériques; ainsi que la mise en place de nouveaux services communs à l’intention des chercheurs.

Sill ajoute : « Si Dugan n’avait pas persévéré, nous n’aurions jamais accompli autant. Ce qui ne cesse de me surprendre chez Dugan, c’est qu’il n’est jamais satisfait du statuquo. Il essaie toujours d’améliorer les choses en quête d’une meilleure science au service des Canadiens et Canadiennes. »

Prix des collègues

Maxime Boissonneault
Spécialiste en haute performance, Calcul Québec/Université Laval

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Avec quelle rapidité Maxime Boissonneault répond-il lorsqu’une demande atterrit sur son pupitre? Ce n’est pas tous les jours que l’on entend dire de quelqu’un qu’il travaille « à la vitesse de la lumière » ou « en fait, peut-être même un peu plus vite, démontrant ainsi qu’Einstein avait peut-être tort finalement), » écrit Suzanne Talon, directrice générale par intérim de Calcul Québec, une des quatre personnes ayant mis Maxime Boissonneault en nomination.

En fait, ce n’est pas tous les jours non plus qu’un détenteur d’un doctorat en physique quantique est la personne qui traitera votre demande. « La formation de Maxime lui permet de mieux comprendre les principes de base (physique, mathématique) associés à la recherche et de trouver des solutions compréhensibles pouvant répondre aux besoins scientifiques de chaque utilisateur, »  écrit Éric Trottier, chercheur au doctorat à l’Université Laval qui a besoin de calcul informatique de pointe pour analyser de vastes ensembles de données provenant du National Radio Astronomy Observatory situé aux États-Unis.

Selon Eric Chamberland, dont la recherche en modélisation et en simulation numérique à l’Université Laval recoupe les domaines de la science informatique, de la médecine, de la biologie et du génie, Maxime Boissonneault a su répondre à ses attentes lorsque son équipe a eu besoin de ressources supplémentaires pour valider ses calculs.

« Maxime nous a fourni le soutien dont nous avions besoin pour continuer notre recherche…et tester nos nouvelles méthodologies sur des problèmes à grande échelle, » écrit-il.

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